忍者乱太郎第1集剧情介绍：
进入学院：来自不同阶层家庭的乱太郎、新兵卫、阿丸进入了一所忍者学院学习忍术，他们很快成了好朋友，在这里他们认识了女学生阿美、阿香、阿茂。在男女生联欢会上，由于没有经验，他们遭到了女生的戏弄，挨了顿教训。
忍者乱太郎第2集剧情介绍：
奇怪的忍者：乱太郎他们遇到一个迷路的忍者，他丢失了要送的密函。经反复回忆，原来他把密函当厕纸用了。院长出主意，在土井老师的教导下他们学习忍者的多种课程。吃尽苦头的乱太郎三人想办法用点心贿赂院长，结果适得其反。
忍者乱太郎第3集剧情介绍：
消失的新兵卫：蜘蛛子城和贺之潮城正在开战。新兵卫在训练中迷路，与贺之潮城的公子一同被抓到蜘蛛子城。乱太郎、阿丸、土并老师和山田老师乔装改扮前往营救。他们遇到不明身份的忍者宇奈仲，双方一场大战之后，发现宇奈仲是山田老师的学生。新兵卫会否得救？
忍者乱太郎第4集剧情介绍：
快乐的黄金周：在“黄金周”，忍者学院的学员都可以回家休息。山田老师开始给他们送作业的旅行。乱太郎为逃避作业，说有家务要做；阿丸拉着土井老师在打零工挣钱。山田老师的作业单是送不出去了。他们来到新兵卫家，发现新兵卫被其父怀疑是贼……
忍者乱太郎第5集剧情介绍：
剑术名家花房木之介：忍术学院遇到“浩劫”——剑术名家花房木之介前往挑战。大家推剑术高手户部老师前往迎战，结果令人啼笑皆非。忍术学院最了不起的是谁？是女强人食堂大娘，还是院长或老师们？告诉你，最了不起的是院长的那只狗黑木黑木，它的塑像矗立在学院最显眼的地方。
忍者乱太郎第6集剧情介绍：
潜入九之一教室：新兵卫、乱太郎、阿丸玩球。不小心球飞到隔壁女学员的花园，砸破了山田老师喜欢的盆景。新兵卫取球时被擒。众男学员用“鬼怪术”潜入九之一教室，欲营救新兵卫和皮球。球取回了，可新兵卫又失踪了……
忍者乱太郎第7集剧情介绍：
超一流忍者龙王丸：龙王丸是院长的同学,据说才貌双全,是当年的白马王子,乱太郎、阿丸、新兵卫三人代院长给他送信,见到的龙王丸奇丑无比,令他们十分失望.龙王丸让他们帮着生擒盗贼，他们同盗贼战斗，小试身手，龙王丸原来真的很英俊，他的变身术十分高明。
忍者乱太郎第8集剧情介绍：
比武大赛：忍术学院举行了比武大赛，胜者可免交一年学费。乱太郎、阿丸、新兵卫三人历尽周折，终于帮最需要钱的阿丸取得了冠军，他们的友谊也散发出光辉。
忍者乱太郎第9集剧情介绍：
秘使新九郎：榆树城和松蘑城交战了。乱太郎三人代受伤的秘使新九郎前往松蘑城送一封议和信。一路上他们被人设计阻挡，而他们克服了重重困难，终于将信送到。
忍者乱太郎第10集剧情介绍：
不会游泳的海盗：一个晕船兼不会游泳的海盗只好改行当山贼。乱太郎他们教会了他游泳并送他回海上。结果，他又回到山里，为什么？原来……
忍者乱太郎第11集剧情介绍：
巧遇不速之客：一个职业杀手不识地图，错把忍术学院当成竹笋城，将山田老师当成了同名的谋杀对象。男女生编成小队混合操练，他们的任务是上厨房偷食堂大娘的菜单。一番辛苦后，菜单是偷到了，他们却不得不吃烂菜和鱼刺。
忍者乱太郎第12集剧情介绍：
蘑菇山历险记：乱太郎三人迷路了。在蘑菇山，他们遇到了山贼洪田。洪田因为长相凶恶，不得不改行当了山贼。乱太郎他们帮他剪发修面改变了形象，重新开起了茶馆。花房术之介再次挑战户部老师。大吹大擂的他原来不堪一击，乱太郎出手就将他击败了。
忍者乱太郎第13集剧情介绍：
爸爸的仇人：一位老奶奶念念不忘寻找六十年前的杀父仇人。乱太郎为帮她，去调查乱气流道场她的仇人仲口水塘，却发现是一场误会。老奶奶为此虚度了六十年的时光。院长出主意，众人要度暑假必须解一道难题。乱太郎他们在解题中又学到了不少忍者的知识。
忍者乱太郎第14集剧情介绍：
院长的字画：院长办公室的字画接连被毁坏。乱太郎他们所在的一年三班负起破案的任务。作案者原来是院长自己。阿美的父母听到了“神的御告”，“神”让他们将阿美嫁给一个路过的和尚。一番调查之后，在家发现是院长的朋友，会“变身”的龙王丸捣的鬼，乱太郎他们找来了龙王丸的太太……
忍者乱太郎第15集剧情介绍：
舞竹城主：在这一集里，乱太郎、山田老师等人帮舞竹城主用计谋夺回了被侵占的舞竹城。
忍者乱太郎第16集剧情介绍：
第三协荣丸的船：不会游泳的海盗又回来了，这一次他丢失了他新造的船。乱太郎一行找到了偷船贼棉田八方斋的老巢，设计炸毁了他从船上偷的石火炮，夺回了协荣丸的船。
忍者乱太郎第17集剧情介绍：
新兵卫的烦恼：新兵卫和阿丸为了小事闹上了小矛盾。新兵卫寻找“好朋友护身符”，想恢复和阿丸的友谊。山本老师用“变身术”化身为一个老奶奶，给新兵卫以启迪。他们三人的友谊更加牢固。秋天是考试的季节，乱太郎、阿丸、新兵卫想尽办法考试作弊，土井老师却将考场挪到室外。
忍者乱太郎第18集剧情介绍：
大家的烦恼：乱太郎一行去三馆城寻找过卫门被夺走的家传宝刀“极乐丸”。他们用“调虎离山”计潜入城中，找到了那把宝刀。却看到三把怪刀引发的一串怪事。
忍者乱太郎第19集剧情介绍：
珍贵的茶碗：武士新出茂桥郎垂涎老奶奶家用做狗食钵的珍贵茶碗，为得到它，他派忍者放火烧了老奶奶的房子。大家去茂桥郎家夺回宝碗，教训了茂桥郎。茶碗也不慎跌碎……
忍者乱太郎第20集剧情介绍：
骨肉相逢：忍者齐王丸到学校重新学习基本功，和失散多年的姐姐食堂大娘骨肉重逢。为了成全他们姐弟，山田老师决定辞职。乱太郎他们和三个女生分别去找一千年才长一次的神奇蘑菇，被守护蘑菇的“鬼怪”抓住，要把他们煮了吃。
忍者乱太郎第21集剧情介绍：
引蛇出洞：乱太郎、阿丸、新兵卫在新学期开始以前要为上学期不及格的科目补考。山田老师教他们“引蛇出洞”术去偷土井老师的考试题。一年三班来了一个新同学喜三太郎。大家以为他是富家子弟，对他大献殷勤。
忍者乱太郎第22集剧情介绍：
接受新任务：乱太郎三人和二年一班的高才生天才丸和救才丸比武，这一场比武还憋着双方老师的较量。乱太郎、阿丸、新兵卫开始表现不错，最后一招时，却前功尽弃。
忍者乱太郎第23集剧情介绍：
毒蛇和蝎子：三年班的同学义贺齐丢失了他的宠物淳一和纯子。大家分头寻找这两个毒蛇和蝎子。喜三太郎和新兵卫不认识这两只毒虫，无意中把它们油炸和清蒸，义贺齐悲痛欲绝。乱太郎三人对学业缺乏自信，破罐破摔，土井老师和院长设计要帮助他们恢复自信。
忍者乱太郎第24集剧情介绍：
宝坛：葡萄牙人卡斯特罗丢失了他的宝坛，乱太郎他们抓住小偷八方田贪心又迷信的特征，装神弄鬼，逼得他将宝坛交还给卡斯特罗。
忍者乱太郎第25集剧情介绍：
院长的小豆汤：院长得了重感冒，暗暗希望学生们去看望他。可是众人的表现气得院长卷包袱要离开。大家极力挽留，乱太郎三人更是刻苦训练，终于院长留下了。而乱太郎三人却感冒了，并喝掉了食堂大娘给院长熬的小豆汤。
忍者乱太郎第26集剧情介绍：
